ANUE ha mostrado su apoyo y compromiso con la iniciativa de la Alianza de Civilizaciones desde el primer momento, como ha quedado reflejado en sus actos y conferencias.
 Ya poco antes de la primera reunión del Grupo de Alto Nivel de la Alianza de Civilizaciones, ANUE dedicó una mesa de debate sobre el tema en la jornada de conmemoración del 60º aniversario de Naciones Unidas que la Asociación organizó el 18 de octubre de 2005, para la que contó con las ponencias de Federico Mayor Zaragoza, copresidente del Grupo de alto Nivel, i Nafis Sadik, uno de los miembros del grupo, así como Bernardino León, Secretario de Estado de Asuntos Exteriores y Cooperación y Rafael Dezcallar, Director de Asuntos Exteriores y de cooperación. Además, ANUE ha sido pionera en introducir la simulación de un comité Ad hoc sobre la Alianza de Civilizaciones en el Catalonia Model United Nations (C'MUN), de mayo de 2006, experiencia que tuvo continuidad con la organización del Foro Euro-Mediterráneo de la Joven Alianza de Civilizaciones en octubre del mismo año, y con la reunión especial que el Comité del C'MUN sobre la Alianza celebró a continuación del Foro. También con el Premio por la Paz, que ANUE otorga desde 1980, la Asociación ha continuado estos dos últimos años en esta dirección, premiando la trayectoria de Daniel Barenboim al frente de la West-Eastern-Divan Orchestrah, y el escritor y filósofo Tahar Ben Jelloun.